Direktur Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem telah mengesahkan zonasi TNBT melalui SK.159/KADAE/SET/KSA.0/6/2016 Tentang Zonasi Taman Nasional Bukit Tiga Puluh Provinsi Riau dan Jambi Tanggal 9 Juni 2016. Dalam penetapan tersebut, luasan masing-masing zona adalah (1) Zona inti = 55.589,34 Ha (38,54 %); (2) Zona Rimba = 75.897,27 Ha (52,64%); (3) Zona Pemanfaatan = 1.701,88 Ha (1,18%); (4) Zona Rehabilitasi = 3.254,13 Ha (2,26%); (5) Zona Tradisional = 4.870,49 Ha (3,38%); (6) Zona Khusus = 2.882,79 Ha (2%)